Ben et Saoirse sont deux enfants qui vivent avec leur père dans un phare en bord de mer en Irlande. Saoirse possède un don étrange : elle est une Selkie, une créature mythique capable de se transformer en phoque et en humaine en portant une peau de phoque. Leur mère a disparu en mer le jour où Saoirse est née, laissant Ben avec un sentiment d'abandon. Le film se déroule dans un monde où le surnaturel coexiste avec la réalité. Lorsque Saoirse découvre sa véritable nature et son pouvoir de guérir le monde des créatures mythiques, elle entreprend un voyage épique pour libérer les êtres magiques piégés par une sorcière maléfique. Ben, initialement sceptique et jaloux de sa sœur, l'accompagne dans sa quête pour sauver le monde enchanté et redécouvrir les liens familiaux perdus.